Bölgenin önemli müzelerinden biri olan Batman Müzesi, Paleolitik-Neolitik, Ilısu ve Hasankeyf Salonu olmak üzere 3 teşhir salonuna sahiptir. Müzede, Paleolitik Dönem’den Ortaçağ’a kadar geniş tarih yelpazesinde yaklaşık 500 adet eser sergilenmektedir.
Batman Müzesi, Batman ve Siirt illerinde bulunan ve Ilısu Barajı suları altında kalacak olan höyüklerde gerçekleştirilen toplam yedi kurtarma kazısına başkanlık etmektedir.
Müzede bulunan en önemli eser, Başur Höyük kazısında ortaya çıkarılan Oyun Taşları’dır.  Gusir Höyük’ten “Dikili Taş”, Başur Höyük’ten “Tunç Mezar Hediyeleri”, Hasankeyf’ten “Tanrı Bes” müzede yer alan önemli eserler arasındadır. 
Müzenin teşhir salonunda, Batman Müzesi’ne bağlı gerçekleştirilen kazılarla ilgili belgesel filmlerin izlenebildiği projeksiyon odası yer alır. Müzede ayrıca arkeoloji, kültür, sanat tarihi gibi konuları içeren kitaplardan oluşan zengin bir kütüphane ile kazılardan elde edilen eserlerin restorasyonunun yapıldığı bir laboratuvar bulunmaktadır.
Batman Müze Müdürlüğü tarafından gerçekleştirilen Müzepark Projesi Türkiye’de bir ilk olma özelliğine sahiptir. Bu proje ile müze bahçesinde oluşturulan tarihi yaşam alanlarında ziyaretçilerin tarihi yaşayarak ve uygulayarak öğrenebilmeleri amaçlanmaktadır. 
Müze Park alanında, Ilısu Barajı HES Projesi kapsamında kazılan Gusir ve Gre Amer höyüklerinden ev modelleri, Başur, Gre Amer ve Kuriki höyüklerinde görülen ölü gömme gelenekleri, Başur Höyük Oyun Taşları, Hasankeyf Artuklu Kapısı, Hasankeyf’te Orta Çağ Yaşam Alanı ile yakın döneme ait köy örnekleri ve köy hayatı canlandırılmıştır.
Müzepark alanında ayrıca ilkokuldan liseye kadar tüm öğrencilere tarih bilincini aktarmak ve arkeolojik kazıların nasıl yapıldığını anlatmak için uygulamalı kazı alanları bulunmaktadır. Bu alanlarda, konularında uzman arkeologlar eşliğinde öğrencilere uygulamalı arkeolojik kazı eğitimi verilmektedir. Ayrıca, çocuk ziyaretçilere yönelik oluşturulan arkeolojik kazıların anlatıldığı kısa film ve çeşitli simülasyon alanları ile Müzepark daha da eğlenceli hale getirilmiştir.
Türkiye’de ilk kez yapılan bu uygulama, yerli ve yabancı tüm ziyaretçilere hizmet vermeyi amaçlamaktadır.