Kısa bir zamanda şehir merkezi haline gelen Zonguldak’ın tarihi, yörenin tarihinden çok çok yenidir. Şehrin oluşumu, bu havalideki kömür madeninin işletilmesiyle başlamıştır.
Madenlerin faaliyete geçmesiyle havzaya yerli ve yabancı sermaye girişi başlamıştır. Bu suretle kömür ocakları, birbiri ardına açıldıkça baş gösteren ekonomik ve sosyal koşullar, maden ocaklarının açıldığı bu sahada yeni bir yerleşim birimi meydana getirmiştir. 1896 yılına kadar yapılan yazışmalarda Zonguldak, Ereğli livasına bağlı “Zonguldak nam mevki” olarak anılmıştır.
1893’de Zonguldak limanı mendireğinin inşası ile faaliyet sahası daha da genişleyen Zonguldak mevkinin nüfusu ve bina sayısı hızla çoğaldığından, tarihi Zonguldak’a oranla çok eski olan Gaca Köyü, konumunu muhafaza ederken, Elvan Köyü’nün mahallesi olan Zonguldak mevkii 1899 yılında kaza olmuştur. Zonguldak 1920 syılına kadar kaza teşkilatı olarak yönetilmiştir. Ancak maden cevherinin üretimi ve satışı arttıkça, daha doğrusu ekonomik koşullara şartlara paralel olarak şehirde nüfus ve yapı adedi de arttığından, Zonguldak, 1 Haziran 1920 tarihinde kaza sınıfından çıkarılarak mutasarrıflık (ilçe) sınıfına alınmıştır.
Kurtuluş Savaşı ve sonrasında kurulan Cumhuriyet’le birlikte havza hak ettiği önemi görmüş ve Zonguldak 1 Nisan 1924 tarihinde Cumhuriyet sonrası kurulan ilk il olmuştur.
İÖ 1200 yılında ağırlığını Frig oymaklarının oluşturduğu Ege göç kavimleri, Trakya üzerinden İç Anadolu’ya yayıldılar. Bu kavimlerden Bythin, Mariandyn ve Migdonlar Zonguldak yöresine yerleşerek bölgenin bilinen ilk halkını oluşturdular. Frigler ve diğer oymaklar, birkaç yüzyıl boyunca siyasal bir örgüt yapısı oluşturamamakla birlikte, Zonguldak’ın güneyine düşen yörelerde maden işletmeciliği ve el sanatlarında önemli bir gelişme elde ettiler. Daha sonraları (İÖ 676) Kafkaslardan kalkıp, Anadolu’ya giren Kimmer beyleri, Frigya’yı ardı ardına düzenledikleri seferler sonucunda ortadan kaldırdılar. Kimmerler daha sonraları Lidyalılar ve Asurlularla yaptıkları savaşlar sonucunda zayıf düştüler. İran’dan gelen Med devleti ile yaptıkları savaşlar sonucunda da tutunamayarak Anadolu’yu terk ettiler.
Kimmerlerin yöreyi terk etmesinden sonra Lidya Devleti kuzeye doğru genişleyerek, İÖ VI. yüzyılda Zonguldak yöresinde bir üstünlük sağladı. Yine aynı yıllarda, Batı Anadolu kıyılarında yaşayan Megaralılar ve Boityalılar Zonguldak yörelerine geldiler. Karadeniz kıyılarından getirdikleri malları boşaltabilecekleri küçük ticari iskeleler kurmaya yöneldiler. Bunlar arasında Filyos, Amasra, Ereğli gibi koloniler vardı. Persler, Zonguldak’taki Lidya egemenliğine İÖ 546’da son verdi.
213 yıl boyunca Persler Anadolu’nun tümüne egemen olmalarına karşın, koloni kentlerin yönetimine fazla karışmadılar. Ancak bu kentlerin yönetimine “Tiran” adı verilen kendi yandaşlarını getirmeye çalıştılar. İÖ 334’te Anadolu’ya geçen Makedonya Kralı İskender, Bronikos (Biga) Çayı yakınlarında Pers ordusunu yenince, Pers üstünlüğü de bu yörede sona erdi.
İskender, bölgeyi Makedonyalı subayların yönetimine bıraktı. İskender’in subaylarından Kalas, yörede bir baskı oluşturmaya çalıştı. Fakat Bythinialı önder Bas’ın direnişi karşısında yenildi. İÖ 326’da Romalılar, İÖ 85’de Bythinia‘ya girerek İzmit’i yağmaladılar. Bythinia Kralı, Roma hegemonyasını tanımak zorunda kaldı. İÖ 70 yılında ise Romalılar, Ereğli’den Samsun’a kadar Karadeniz kıyılarını ele geçirdi. Dolayısıyla Zonguldak bölgesi, Roma’nın Ön Asya vilayeti oldu.
İÖ 70’te Romalılar Herakleia ve çevresini ele geçirdiler. Herakleia yağmalandı. Kentin agorasındaki altın Herakles heykeli Roma’ya götürüldü.
Roma döneminde yazan coğrafyacı Strabon, Herakleia’dan “iyi limanları olan bir kent” olarak söz eder. Bir yarımada kıstağındaki Amastris’in iki yanında limanlar vardır. En iyi şimşir ağacı türü en çok Amastris toprağında, özellikle Kytaron (Gideros) dolaylarında yetişir. Romalılar kıyı kentlerini birer liman ve savunma noktaları oldukları için onardılar, Herakleia, Teion, Amastris, ikincil yollarla Nikomedia (İzmit) - Amasia (Amasya) anayoluna bağlandı. Bu kentler, kimi kalıntıları günümüze ulaşan tapınak, tiyatro, su kemeri, antrepa, bazilika, çeşme, vb. yapılarla genişletildi.
Hıristiyanlık öncesinde yörede başta Zeus Strategos olmak üzere birçok tanrı ve tanrıçaya tapılmaktaydı. Deniz tanrısı Poseidon da büyük saygı görmekteydi. Amastris’te Poseidon’a adanmış bir tapınak vardı. Herakleia ve Amastris sikkelerinde Poseidon betimleri görülür. Amastris’te Mısır Tanrıları Pis, Seragis, Apis’in tapınakları ve sunakları vardı. Ayrıca, Amastris’te Mısır kökenli kutsal lotus fidanı bulunuyordu.
Hıristiyan söylencesine göre, Karadeniz kıyılarında Hıristiyanlığı Havari Anderas yaymıştır. Hıristiyanların baskı altında tutulduğu dönemde Herakleia’da Ayazma Deresi Vadisi’ndeki mağaralar (Cehennemağzı Mağaraları) kilise olarak kullanılmıştır. Kâhinler Mağarası adıyla bilinen en büyük mağarada Hıristiyanlıkla ilgili frenk izleri, gömütler bulunmaktadır. Söylenceye göre, Amastris’teki fanusu balta ile parçaladığı için putperestlerce öldürülen Hyakinthas, sonraları kentin yerel azizi sayılmıştır.
395’te ikiye ayrılan Roma’nın doğu kısmında kalan bölge (Bizans), VII.yüzyılda Opsikian Theması sınırları içinde yer aldı. Bizans Döneminde Herakleia, Tieion, Amastris, İmparatorluğun doğudaki merkezi Trapezus yolu üstünde önemli uğraklardı. Başlangıçta birer metropolitlik olan Herakleia ve Amastris, İmparator Justinianas döneminde piskoposluk düzeyine indirildi. Bu kentler, bir iç deniz olan Karadeniz kıyısında bulunmaları ve art bölgelerinin sınırlılığı yüzünden eski görkemlerini günden güne yitirdiler.
VIII.yüzyıl sonlarında Müslüman Arapların bir akını çevreyi sarstı. IX.yüzyıl ortalarında Rus korsanlar kıyı kentlerini yağmalamaya başladılar. Bu akınlardan birinde Amastris tümüyle yakılıp yıkıldı. Bu yıkımdan sonra surların dışındaki asıl kent terk edildi.
Türklerin Anadolu’da yayılmaya başladığı dönemde, Zonguldak çevresinin eski kentleri küçük birer kasaba-kale görünümündeydi. XIII.yüzyıl sonlarında Cenevizliler Herakleia ve Amastris’e yerleşerek ticaret merkezleri kurdular, bir süre sonra da bu kentlerin yönetimini ele geçirdiler. Timur’a giderken Amastris’e uğrayan İspanyol elçisi Clavija, kale dışındaki asıl kentin bir yıkıntılık olduğunu yazmaktadır. Bu, Cenevizlilerin yalnızca limandan yararlandıklarını göstermektedir. Kalede, Cenevizlilerin onarımlarını belirten Ceneviz devletinin yada tanınmış ailelerin armaları, kazınmış taşlar bulunmaktadır.
XI.yüzyıl sonunda Anadolu’nun geleceğine Türkler hakim olmaya başlarken, Zonguldak havalisindeki eski şehirler küçük birer kale-kasaba görünümünde bulunuyorlardı. Bu yıllarda Bizans idaresinin zayıflaması bu bölgede güvenlikten eser bırakmamıştır. Bizans’ın resmi memurları olan Dukkas’lar, halkı haraca bağladıkları ve limanlara uğrayan yelkenlileri soydukları için iskeleler deniz ticaretindeki önemlerini yitirmiş durumdaydılar. Kıyı içi bölge ticaretinde karakol görevi yapan kale ve şatolar, çetelerin ellerine geçmiştir.
Bu kargaşa yıllarında Zonguldak havalisinde görünen ilk Türk Komutanı Emir Karatekin oldu. Bu cesur Türk komutanı, 1084’te Ulus, Bartın ve Devrek topraklarını ele geçirdi. Daha sonra kıyıya yönelen Emir Karatekin Zonguldak yöresini bütünüyle zaptetti. 1085’te de Sinop’u aldı. Ancak, yörenin Türklerin elinde kalması uzun sürmedi. Büyük Selçuklular ile Anadolu Selçukluları arasındaki çekişme sebebiyle 1086’da tekrar Zonguldak ve havalisi Bizanslıların eline geçti.
1092 sonlarında I.Kılıç Arslan’ın başa geçmesiyle toparlanan Anadolu Selçuklularını, Haçlı Seferleri ve 1107’de I.Kılıçarslan’ın ölümüyle çıkan taht kavgaları güçsüz bırakmıştır. Dolayısıyla Anadolu Selçukluları Zonguldak yöresinden uzak kalmışlardır. Onların bu durumundan faydalanan Danişmendliler, Karadeniz kıyılarını zaptederek Ereğli’ye kadar ilerlemelerine karşın yörenin tümünü elde edememiştir. II.Kılıç Arslan’ın 1155’te tahta geçmesiyle yeniden güçlenen Anadolu Selçukluları, 1176’da Bizans ordusunu ağır bir yenilgiye uğratıp, 1178’de Danişmendliler devletini ortadan kaldırdılar. Ancak bu başarılarına rağmen Zonguldak ve havalisini ellerine geçiremediler. Zira, II.Kılıç Arslan’ın ölümü sonrasında çıkan taht kavgaları Selçukluların Bizans topraklarına seferler yapmalarını engelledi.
IV.Haçlı Seferi esnasında Latinler, 1204’te Konstantinapolis’i ele geçirerek bir Latin imparatorluğu kurdular. Bu yüzden Haçlılardan kaçan Bizanslılar, Trabzon-Rum ve İznik-Bizans imparatorluklarını meydana getirdiler. Kısa zaman içinde sınırlarını genişleten Trabzon Rumları, İznik Bizanslılarına yenilince Zonguldak yöresi İznik Bizans İmparatorluğuna bağlandı. 1261’de Latinlerin Avrupa içlerine doğru dönmeleri üzerine, yeniden Konstantinapolis’e dönen Bizanslılar, ülke birliğini sağladılar. Bizanslılar da kendileriyle iyi ilişkiler içerisinde bulunan Ceneviz’e Zonguldak yöresindeki iskelelerden ticari amaçla yararlanma hakkı tanıdı.
XIII.yüzyıl sonlarında, iç kısımların Türkler, kıyıların ise Cenovalı gemicilerce kontrole alınması üzerine yöre topraklarında Bizans hakimiyeti son buldu. Eflani, Devrek, Bartın, Safranbolu, Ulus ve şimdiki Karabük toprakları, 1335’te bağımsızlığını elde eden Candaroğulları Beyliği’nin sınırları içine girdi.
Padişah I.Murat’ın bölge topraklarını Osmanlı sınırlarına katmak istemesine halk karşı çıkar ve Candaroğulları Beyliği yanında yer alır. Osmanlılar da 1380 yılında Cenevizlilerle anlaşarak Karadeniz Ereğli’yi satın alır. 1392’de Yıldırım Beyazıt, Zonguldak bölgesini Osmanlı topraklarına katar, ama 1402 Ankara Savaşında Timur’a yenilince alınan topraklar tekrar Candaroğulları Beyliği’nde kalır. Padişah Çelebi Mehmet, ülke bütünlüğünü sağlama politikaları çerçevesinde, Zonguldak’ın güney kesimini 1417’de Osmanlılara katarken, kıyı şeridindeki iskelelerde ticari yaşam yine Cenevizlilerin elindedir. 1460 yılında Fatih Sultan Mehmet Amasra’yı alır. Candaroğulları Beyliği’ne son verir ve yöredeki Hıristiyan azınlıklar İstanbul’a yerleşmek zorunda kalır. Osmanlı Devleti’nin ilgisini çekmeyen Zonguldak ve yöresi önce 1654 yılında Kazak korsanlarca, sonra da korsanlara karşı halkı korumak amacıyla gelen yeniçerilerce yağmalanır. Ekonomik ve ticari önemini yitiren bölgeye devlet sahip çıkmayınca eşkıyalar ve ayanların baskısı halkı göçe zorlar. Taşkömürünün 1829’da bulunmasıyla tekrar önem kazanan bölge 1882 yılından sonra yabancı sermayenin ilgi merkezi olur. Taşkömürü havzasındaki üretim ocakları İngiliz, Fransız, Alman, Belçika, Rus, Yunan ve yerli şirketlerce çalıştırılır. Yöredeki şirketlerinin haklarını korumak, kömür üretimini artırmak bahanesiyle Fransız askerler 08.03.1919’da Zonguldak’ı, 08.06.1919’da da Kdz. Ereğli’yi işgal eder. Var olan Müdafa-i Hukuk Cemiyetlerinin oluşturduğu milis güçleriyle Fransızlar 18.06.1920’de Ereğli’den, 21.06.1920’de de Zonguldak’tan çekilmek zorunda kalır.
Alemdar, 1898’de Danimarka’da yapılmış 300 tonluk kurtarma gemisidir. Gemiye I.Dünya Savaşı’nda el konularak, deniz yolları emrine verilmiştir. Gemi itilaf donanmasının kontrolünde her an göreve hazır Kuruçeşme’de bekletilmektedir. İstanbul’da demirlemiş durumda bulunan Alemdar gemisinin Karadeniz’e kaçırılması planlandı. Gemi, 23 Ocak 1921’ gecesi gizlice Karadeniz’e açıldı ve ertesi sabah Ereğli’ye geldi. Muhittin Paşa’nın Ankara ile görüşmesi üzerine, geminin Trabzon limanına gitmesi emri verildi. Bu gelişmeleri duyan Fransızlar gemiye el koyarak İstanbul’a geri götürmek istediler. Kuvay-ı Milliyecilerin gemi içinden ve dışından yaptığı mücadelelerle Alemdar gemisi kurtarıldı. Bu olay tarihte Alemdar Olayı olarak geçti. 1921 yılı Haziran ayında, Fransız temsilcileri (Franklin Bauillan) ve Mustafa Kemal arasında başlayan Ankara Anlaşması’nın görüşmeleri sürerken, Osmanlı Bandıralı Giresun Vapuru ile 21 Haziran 1921 tarihinde Fransız işgal kuvvetleri, 2 yıl, 3 ay, 12 gün sonra Zonguldak’ı terk etmişlerdir. Bu süre içerisinde Fransızlar silahlı bir mücadele ile karşılaşmamışlardır.
14 Mayıs 1920’de müstakil mutasarrıflık olan Zonguldak Merkez, Bartın, Hamidiye (Devrek), Ereğli kazalarından oluşmuştur. Kuruluşları, Cumhuriyetin ilanından (29 Ekim 1923) sonra olan, illerin ilki Zonguldak’tır. 1 Nisan 1924’te teşkil edilen Zonguldak Vilayetine, 1927’de Safranbolu kazası da bağlandı. Sonraki yıllarda ilin bazı kasabaları da birer ilçe merkezi olarak teşkilatlandırıldı.
Çaycuma, Devrek’in bir nahiyesi iken, 1944 yılında ilçe oldu. Yine aynı yıl uzun yıllar Safranbolu’nun bir bucak merkezi olan Ulus da Zonguldak’ın yedinci ilçesi olarak kuruldu. Daha sonra sırasıyla, 1953’te Karabük ve Eflani, 1957’de Kurucaşile ilçe merkezi oldular. Temmuz 1987’de Alaplı, Amasra ve Yenice kasabaları, Mayıs 1990’da da Gökçebey kasabasının kaza haline getirilmesiyle Zonguldak’ın ilçe sayısı on üçe yükselmiştir.
Ancak 28.08.1991 gün ve 3760 sayılı yasayla Bartın’ın il olması sonucu Bartın’ın yanı sıra Amasra, Ulus, Kurucaşile; 6.6.1995 gün ve 550 sayılı yasayla da Karabük’ün yanı sıra, Eflâni, Safranbolu ve Yenice ilçelerinin ayrılmasıyla ilçe sayısı beşe düşmüştür.