Yapılan araştırmalar ve arkeolojik kazılar Kırşehir’in yerleşim bölgesi olmasının M.Ö. 3000 yıllarında başladığını göstermektedir. Kışehir’deki höyüklerden elde edilen çanak-çömlek parçaları, bu döneme ait bilgiler içermektedir. 1930’lu yıllarda Türk ve İtalyan arkeologlar tarafından Merkez İlçe’ye bağlı Hashöyük’te yapılan arkeolojik kazılar, M.Ö 3000’e ait çanak-çömlek kalıntılarını ortaya çıkarmıştır. Kırşehir’in adının eski çağlarda “Parnassos” ya da “Makissos” olduğu bilinmektedir. Hititler döneminde Kırşehir havzasına “Ahiyuva” ülkesi denilmektedir. Rama ve Bizans döneminde ise “Kapadokya” olarak anılmıştır. Kapadokya Kralığı, Roma İmparatorluğu’nun hakimiyetini tanımış ve Roma İmparatorluğu da Kapadokya Krallığı ile birlikte Kırşehir yöresini de kendine bağlamıştır. M.S. 395 yılında Roma İmparatorluğu Batı ve Doğu olarak ikiye bölününce, bütün Anadolu gibi bu bölge de Doğu Roma’nın (Bizans) olmuştur.

Bizans döneminde Makissos, daha sonra da Justinianapolis adıyla anılan Kırşehir’i aynı yüzyılda yaşayan tarihçi Prokopios’un verdiği bilgilere göre Justinianus, Kırşehir’i yeniden imar ederek kent durumuna getirmiştir. 647 yılında Emevi devletinin Şam Valisi Muaviye, Kayser, ve Kırşehir bölgelerini işgal etmiştir. Kırşehir merkezine bağlı Taburoğlu köyü yakınlarındaki Üçayak Kilisesi, Kaman Temirli’deki Kilise, Mucur Aksaklı ve Aflak köylerindeki Kaya Kiliseleri, Derefakılı Kiliseleri, Mucur Manastır ve Keşiş sarayı, Bizans dönemine ait mimari kalıntılardır. Kırşehir civarında da Bizans dönemine ait kandiller, takılar, sırlı mavi ve sarı renkli seramik eşyalara rastlanmıştır.

1071’den sonra Anadolu toprakları Türkler’e açılınca, Kırşehir’in Türk tarihine katılma dönemi başlamıştır. Kutalmışoğlu Süleyman Şah, kent ve çevresini Anadolu Selçukluları’na bağlamıştır. 1402 yılında Osmanlılar Ankara Savaşı’nda Timur’a yenilince Kırşehir ve yöresi, Karamanlılar’a verilir. Çünkü bu savaşta Karamanlılar Timur tarafında yer alıp, onu desteklemişlerdir. Fatih Sultan Mehmet’in Karamanlılar’ı yenmesinden ve Yavuz Sultan Selim’in  Dulkadiroğulları’nı tarihten silmesinden sonra Kırşehir, Osmanlılar’ın egemenliğine geçmiştir.

Anadolu’da Osmanlı egemenliğinin kesin olarak kurulmasından yani Fatih Sultan Mehmet’in Anadolu Türk birliğini sağlamasından sonra Kırşehir’de Celali isyanları dışında XIX. YY’ın sonlarına kadar kayda değer önemli olaylar görülmez. Osmanlı Devleti’nin kuruluşunda Ahiliğin büyük rolü olmuştur, Yeniçeri Ocağı’nın kuruluşu sırasında Hacı Bektaş-ı Veli’nin etkileri görülmüştür. Yeniçeriler, Hacı Bektaş’ı “pir” olarak kabul etmişlerdir. Katip Çelebi Seyehatname’sinde; Kırşehir için “havası güzel bir sahrada kurulduğunu, üzerinde bir kalesi bulunduğunu” yazmaktadır. 1527’de Hacı Bektaş-ı Veli’nin torunlarından Kalender Çelebi, Ankara – Kayseri yöresinde ayaklanmıştır. Bu ayaklanma büyüyünce Kanuni Sultan Süleyman, Sadrazam İbrahim Paşa komutasında bir orduyu 1528’de Kırşehir yöresine yollamıştır. 1560’lı yıllara gelindiğinde Anadolu’da yoğun bir kargaşa daha yaşanmıştır. Halkı zorla soyan Hakibe Sührap adlı eşkıyaları cezalandırmak için Kanuni, kırşehir Beyi Memiş Bey’e emir vermiştir.

Kırşehir, Anadolu “ahlaki” denen tasavvufi esnaf teşkilatının en mühim merkezlerinden biri olması ile 14.asırda oldukça gelişmiştir. Meşhur Ahi Evran Kırşehir’e yerleşmiş, Mevlevi tarikatı gelişmiş ve büyük mutasavvıf ve Türk şairi Aşık Paşa burada yaşamıştır. Bu asır Kırşehir, müstesna bir kültür ve ilim merkezi olmuştur.

I. Dünya Savaşı bittiğinde, Osmanlılar savaşta yenilince, savaşın galipleri, Anadolu’yu bölgelere ayırıp, istila etmeye başlamışlardır. Osmanlı sultanları, saltanatlarını sürdürmek için her şeye göz yummuşlardır. Ama halk istilacılara karşı savaşıp, bağımsızlığı kazanma inancındadır. Bu görüşü savunanların başında Mustafa Kemal Paşa gelmektedir.

Kırşehir, bu tarihi yol ayırımında, Mustafa Kemal Paşa’nın yanında yer alır. Gerek yiyecek-giyecek, gerek para ve gerekse asker olarak tüm gücünü Paşa’nın emrine verir. Kurtuluş Savaşı sona erdiğinde,Kırşehirli her aile, ya birkaç şehit vermiş ya da her evde birkaç gazi kalmıştır. 19’uncu yüzyılın ikinci yarısında Kırşehir Sancağı, Ankara vilayetine bağlanmıştır. Cumhuriyet döneminde il merkezi olur. 1954’te ilçe merkezi olarak yeni kurulan Nevşehir işine bağlanırsa da 1957 yılında yeniden il statüsüne kavuşur.