Kentin topraklarında Geç Miyosen dönemden itibaren Neolitik, Kalkolitik, Eski Tunç, Hitit, Frig, Hellenistik, Roma, Bizans, Selçuklu, Germiyan, Osmanlı ve ilelebet yaşayacak olan Türkiye Cumhuriyetine kadar zengin bir kültür mirası vardır.
İlin yedi bin yıl öncesine uzanan tarihi bir geçmişi bulunmaktadır. Antik kaynaklar ünlü masalcı Ezop’un doğduğu yer olarak Kütahya’yı gösterir. O çağlarda Kütahya’nın adının KOTIAEION olduğu sikkelerden bilinmektedir. Kütahya topraklarına yerleşen en eski halk ise Friglerdir.
M.Ö.12.yüzyılın sonlarında Anadolu’ya göç eden Frigler, Hititleri ortadan kaldırarak bölgeye hakim oldular. M.Ö.676’ da Kimmerler, Frigya kralı III..Midas’ı bozguna uğratarak Kütahya ve çevresine egemen oldular.
Alyattes’in Lidya kralı olduğu dönemde Kimmer egemenliğini yıkan Lidya’lılar yönetimi ele aldılar. M.Ö. 546’ da Anadolu’yu istila eden Persler Lidya ordusunu yenilgiye uğrattılar. M.Ö.334’ de Biga Çayı civarında Makedonyalı Büyük .İskender, Persleri yenerek bölgede üstünlük kurdu. Büyük İskender’in M.Ö.324’ de ölümüyle Kütahya ve çevresi komutanlarından Antigonas’a geçti. M.Ö.133’ de ise Roma egemenliği altına girdi. Bizans döneminde piskoposluk merkezi olarak önemini koruyan Kütahya daha sonra Anadolu Selçuklularının hâkimiyetine girdi.
1078 yılında Anadolu Selçuklu Devletini kuran Kutalmışoğlu Süleyman Şah, Kütahya’yı da ele geçirdi. 1097 yılında Haçlıların saldırısına uğrayan Kütahya, kısa süren bir işgal döneminden sonra 1233 yılında yeniden Türk hâkimiyetine girdi. Selçuklu dönemi eserleri arasında, Kütahya merkezinde Hıdırlık Mescidi, Yoncalı Hamamı ve Camii, Balıklı Camii ve tekkesi olarak bilinen Medresesi sayılabilir.
1277 yılında Anadolu Selçuklu Devletinin dağılmasıyla birlikte bu topraklar Germiyanoğlu beylerinin payına düştü. Germiyanoğulları eserleri arasında en meşhurları II.Yakup Bey İmaret Külliyesi, Umur bin Savcı Medresesi ile İshak Fakih Camii ve Medresesidir.
Son Germiyan Beyi II. Yakup’un kız kardeşi Devlet Hatun’un Osmanlı Padişahı Yıldırım Beyazıt ile evlenmesi neticesinde akrabalık bağı kurulmuş, II.Yakup’un 1429 yılında ölümünden önce vasiyetiyle Osmanlı topraklarına katılmış olan Kütahya, 140 yıl Germiyan Beyliğinin başkenti 400 yıl Anadolu Beylerbeyliğinin merkezi olmuştur.
1850 -1851 yılları arasında Macar bağımsızlık hareketinin milli kahramanlarından Lajos Kossuth ilimizde konuk edilmiştir. 1867 yılından itibaren Hüdavendigar vilayetine bağlı bir sancak merkezi olan Kütahya, II. Meşrutiyet’ten sonra bağımsız bir sancak olmuştur.
I. Dünya savaşından sonra,17 Temmuz 1921 tarihinde Yunan işgaline uğrayan Kütahya, Türk Ordularının 26 Ağustos 1922 tarihinde başlattığı Büyük Taarruzla makus talihini yenmiş ve 30 Ağustos 1922 tarihinde Başkomutan Meydan Muharebesinin kazanılmasıyla sonsuza dek yaşayacak olan Türkiye Cumhuriyetinin temellerinin atıldığı bir il olmuştur. Büyük Önder Gazi Mustafa Kemal Atatürk, ‘’Ey yükselen yeni nesil! İstikbal sizsiniz Cumhuriyeti biz tesis ettik. Onu ila ve idame edecek sizsiniz’’ veciz sözünü Zafertepeçalköy’de , ‘‘Ordular İlk Hedefiniz Akdeniz’dir.İleri!..’’ komutunu Dumlupınar’da vermiştir. Başkomutan Meydan Muharebesinin sevk ve idare edildiği yer, bugün Altıntaş İlçesine bağlı, Zafertepeçalköy merkezindedir.