Aksaray tarihi, günümüzden 11 bin yıl önce Orta Anadolu'nun ilk köy yerleşmesinin Aşıklı Höyük'te kurulmasıyla başlar. Aşıklı'da başlayan 11 bin yıllık serüvende farklı medeniyetlere ev sahipliği yapan Aksaray, İpek Yolu üzerinde Kapadokya'nın batıya açılan kapısı olarak tarihteki yerini almıştır.

Buzul çağının ardından günümüzden yaklaşık 11 bin yıl önce (M.Ö. 9000), Orta Anadolu'da yaşayan insanlar yerleşik hayata geçmeye başlarken, bilinen ilk köy yerleşmesi Aşıklı Höyük'te kuruldu.

Aşıklı Höyük'te sürekli bir yerleşim kurulurken, bu köyü kuranlar ilk kez tarıma başladılar, hayvanları evcilleştirdiler ve ulaştıkları obsidyen teknolojisiyle birlikte Orta Anadolu'daki insanlık tarihini yazmaya başladılar. Dünyada bilinen en eski beyin ameliyatının 20-25 yaşlarında bir kadına Aşıklı Höyük'te uygulanması, Aşıklı halkının ulaştığı teknolojinin de göstergesidir.

Neolitik dönemde Aksaray ve çevresi iskan görürken, Böget köyü çevresinde bu döneme ait seramiklere rastlanır. Kalkolitik çağda ise yaşamın kesintisiz olarak Aksaray'da devam ettiğini görmekteyiz. Güvercinkayası höyüğü ve Yüksek Kilise eteğindeki yerleşim bu dönemin izlerini taşımaktadır.

M.Ö. 3000-2000 yıllarında Anadolu’da Hatti kavmi yaşarken, bu dönemde Asurlu tacirler bölgede ticaret yapmışlardır. Aksaray'daki Acemhöyük yerleşmesi, önemli bir ticaret merkezi konumuna gelmiştir.

Aksaray, Hatti'lerin ardından Hitit, Pers, Hellenistik Dönem (Büyük İskender), Roma ve Bizans egemenliklerinde kalmıştır. M.S. 1. yüzyılda Aziz Paul ve müritleri tarafından Anadolu'da yayılmaya başlayan Hıristiyanlık, çok tanrılı Roma taraftarlarının büyük tepkisine neden olduğundan, ilk Hıristiyanlar korunmak için elverişli mekanlara yerleşmişlerdir. Ayrıca inzivaya çekilmek isteyen birçok din adamı Aksaray ve çevresini tercih etmiştir. Bu dönemde Güzelyurt ve Gülağaç sınırları içinde çok sayıda yeraltı şehri inşa edilirken, vadiler içinde bulunan dik yamaçlar oyularak kaya içi kiliseler ve meskenler açıldı.

7.yy. sonlarından itibaren Müslüman Arapların Anadolu üzerinden İstanbul’a yaptıkları seferler nedeni ile bölgeye sığınan Hıristiyanların sayısı artarken, Ihlara ve Manastır Vadisi çevresinde önemli yerleşim birimleri oluşmuştur.

1142'de Selçuklu hakimiyetine giren Aksaray'dan tarihi İpek Yolu geçerken, bu dönemde çok sayıda Türk İslam eseri inşa edilmiştir. II. Kılıçarslan zamanında Aksaray'a saray, medrese, zaviye ve kervansaraylar yapılırken, bu dönemde yapılan Sultanhanı, İpek yolu üzerindeki en büyük kervansaraydır.

Selçukluların ardından İlhanlı, Danişmentli ve Karamanoğulları hakimiyetinde kalan Aksaray'ı 1470 yılında alan İshak Paşa, Fatih Sultan Mehmet'in emriyle halkın bir bölümünü İstanbul'a nakletmiştir. İstanbul'un Türkleşip İslamlaşma sürecinde iskanda değerlendirilmiş olan Aksaray halkı, bugün pek çoğu İstanbul'un Fatih ilçesi sınırları içinde kalan Aksaray, Cağaloğlu (Coğlaki), Laleli, Kurtuluş, Ortaköy, Sofular, Ereğlikapı'ya yerleştirilmişler ve iskanla gidenler yeni yerleştikleri yerlere Aksaray'daki mahalle isimlerini vermişlerdir. İskan sırasında Aksaray'da kalanların yaşadığı semt, Kalanlar Mahallesi (Kalınlar) ismiyle günümüze kadar ulaşmıştır. Yine Aksaray halkının bir kısmı, 1571 yılında Kıbrıs'ın fethiyle buraya yerleştirilmiştir.

Cumhuriyet dönemine kadar Konya’ya bağlı bir sancak olan Aksaray, 1920 yılında vilayet olmuş, 1933 yılında vilayetliği lağvedilerek Niğde'ye ilçe olarak bağlanmıştır. Aksaray, 15 Haziran 1989 yılında yeniden vilayet olarak hızlı bir gelişim sürecine girmiştir.

Aksaray’ın adının ilk olarak eski Hitit metinlerinde geçen “Nenessa (Nenossos) olduğu sanılmaktadır. M.Ö. 1. bin yılda Kral Kiakki döneminde Şinakhatum - Şinukhtu olarak anılan Aksaray, Hellenistik dönemde Kapadokya Krallığına bağlanmış ve Garsaura olan ismi Arkhelais olmuştur. Arkhelais, Selçuklular döneminde II. Kılıçarslan tarafından Aksaray olarak değiştirilirken, ikinci başkent gibi bir işlev görmüştür. Aksaray, şehre kötü insanların alınmamasından dolayı, iyi insanların yaşadığı yer anlamına gelen "Şehr-i Süleha" olarak anılmıştır.

Şehirde güçlü bir tasavvuf hayatı yaşanırken, Evliya Çelebi'nin seyahatnamesinde belirttiği üzere, 7 binden fazla evliyanın yaşadığı şehir evliyalar şehri olarak anılmaktadır. Taptuk Emre, Yunus Emre, Cemaleddini Aksarayi, Şeyh Hamideddini Aksarayi (Somuncu Baba), Yusuf Hakiki Baba gibi öne çıkmış tasavvuf alimleri, Aksaray'da yaşamışlardır.